大戦で破壊されつくされた世界。 終わりのない戦闘と権力闘争を繰り広げる「大人」たちがいる一方で、疎開させられた一部の子どもたちは、小さな楽園を築いていた。 その名は――《ラグーン》。 廃遊園地を利用した《ラグーン》に住む少年・カイ。自給自足が可能な恵まれた環境をねらう敵に対応するため、《ラグーン》の「傭兵」として働いている。 カイは、同居人であり幼なじみの博士とともに毎日を過ごしていた。 しかし、どこか違和感があって――