在明治时代成立,保留著由少数人寄宿制的博雅教育为特徵的传统――时之台学园。
进藤智进入了这间升学率极高的学校,是过著平凡日常的少年。
然而,他有个秘密。
那就是奶奶留给他的,拥有操控时间力量的怀錶。
他应用了那个怀表的力量,过著愉快又高效的生活。
有一天,智察觉了学园里的七不思议跟怀表有所关联。
对应著七不思议的七个怀表――得到怀錶的话,或许就能操控和时间相关的各种能力。
兴趣盎然的他,在放学之后,开始在充斥著七不思议的旧校舍探险。
在探险的过程中,智和同样拥有怀表的持有者,以及由毕业生代代相传,拥有调查七不思议传统的新闻部等等,和每天上下学时擦肩而过的少女们相遇。
然后和朋友们一起探险时,他们发现了其中一个七不思议的真相。
在不是过去也不是现在更不是未来的,时间停止的空间中――那里沉睡著穿著和服的少女。
少女拥有控制时间的力量,但将自己的力量分割成七等份,并转移到怀表中,失去了力量。
少女因为智怀表的力量(时间穿越),在现在这个时代醒来,似乎也因此回不到原本的时代了……
之后他们得知了,如果把怀表凑齐,就能让少女取回原本的力量,回到原来的时代。
就这样,他们开始挑战七不思议之谜。
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